Lịch sử hình thành và phát triển của Khoa Kỹ thuật tài nguyên nước gắn liền với lịch sử của Trường Đại học Thủy lợi. Ngay sau khi thành lập Trường Đại học Thủy lợi, năm 1959, nhà trường đã đào tạo ngành thủy nông. Năm 1966, khi trường bắt đầu thành lập các khoa, Khoa Thuỷ nông (tên gọi cũ của Khoa Kỹ thuật tài nguyên nuớc ngày nay) chính là một trong 03 khoa đầu tiên của Trường Đại học Thủy lợi (gồm có : Khoa Thủy công, Khoa Thủy nông và Khoa Thủy văn).
Khi thành lập, Khoa quản lý các bộ môn Thuỷ nông, Thuỷ văn, Kinh tế, Trạm bơm, Thuỷ Lực, Toán 2, Cơ lý thuyết 2, Ngoại ngữ, Trắc địa, Hoá học, Thổ nhưỡng. Nhiệm vụ của Khoa là đào tạo kỹ sư Thuỷ nông để quy hoạch, thiết kế và quản lý các hệ thống tưới tiêu phục vụ cho phát triển nông nghiệp.
Nhiều thế hệ thầy và trò trưởng thành từ mái nhà chung “Thủy nông” đã không ngừng nỗ lực, đóng góp và cống hiến cho sự nghiệp bảo vệ đất nước trong thời kỳ chiến tranh và xây dựng đất nước sau khi hòa bình lập lại. Hình ảnh người kỹ sư “Thủy nông” sáng tạo, đạo đức, trách nhiệm ở các công trường, chiến trường, doanh nghiệp, cơ quan… luôn để lại sự tin tưởng và nể phục đối với bạn bè, đồng nghiệp và đối tác.
Với phương châm “Học đi đôi với hành”, các bộ môn Thuỷ nông, Trạm bơm, Thuỷ lực, Trắc địa đã đưa sinh viên đến các hệ thống thuỷ lợi làm đồ án tốt nghiệp, đồng thời giúp địa phương khảo sát, đánh giá hiện trạng, quy hoạch cải tạo, cải tiến và quy hoạch xây dựng những hệ thống thuỷ lợi mới ở các địa phương trên mọi miền đất nước, điển hình như Bắc Giang, Vĩnh Phúc, Hà Nội, Hải Phòng, Thái Bình, Đồng bằng sông Cửu Long… Song song với công tác giảng dạy, các thầy cô giáo trong Khoa đã tích cực tham gia các hoạt động nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ nhằm giải quyết những vấn đề lớn của Đất nước. Thành tích của thầy và trò Khoa Kỹ thuật tài nguyên nước trong các thời kỳ đã đóng góp một phần không nhỏ trong công cuộc phát triển kinh tế xã hội của đất nước. Tất cả đã tạo nên trang sử hào hùng, mãi là niềm tự hào của các thế hệ thầy, trò Khoa Kỹ thuật tài nguyên nước.
Với những thành tích đã đạt được trong chặng đường phát triển hơn năm mươi năm qua, thầy và trò Khoa Kỹ thuật Tài nguyên nước đang không ngừng nỗ lực, rèn luyện, tạo nên các thành tích mới về giảng dạy, phát triển đội ngũ, nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, hợp tác quốc tế để xứng đáng là một trung tâm đầu ngành về đào tạo và nghiên cứu-chuyển giao công nghệ về kỹ thuật tài nguyên nước.
Quá trình hình thành và phát triển Khoa Kỹ thuật tài nguyên nước:
* Năm 1966: Khoa Thủy nông (tên gọi cũ của Khoa Kỹ thuật tài nguyên nuớc ngày nay) được thành lập.
* Năm 1990: Khoa được mở thêm chuyên ngành Cải tạo đất và Khoa được đổi tên thành khoa Thuỷ nông cải tạo đất.
* Năm 2001: Khoa đã mở thêm ngành Cấp thoát nước.
* Năm 2002: Khoa được đổi tên thành Khoa Quy hoạch và quản lý hệ thống công trình.
* Năm 2006: Khoa được đổi tên thành Khoa Kỹ thuật tài nguyên nước.
* Năm 2007: Khoa mở thêm ngành Kỹ thuật hạ tầng và phát triển nông thôn.
* Năm 2019: Trung tâm Địa tin học (Bộ môn Trắc địa) sáp nhập vào Khoa Kỹ thuật tài nguyên nước.
* Năm 2020: Khoa Thủy Văn và tài nguyên nước sáp nhập vào Khoa Kỹ thuật tài nguyên nước.